温度影响微生物酶系的活力，这些酶分别决定微生物的初级代谢生产和次级代谢产抗。不同微生物菌种的生长温度不一样，而生长和产抗节点的最适温度也有差异。发酵温度的设计要综合考虑能源消耗、发酵周期、稳定培养和产率水平因素。必要时需考虑变温培养。生产中，温度的控制通常采用冷却水通入发酵罐的蛇管或夹套中热交换保持发酵温度。

PH对微生物的影响，主要也是作用于酶，对营养利用和细胞结构也有重要影响。PH调节需生理酸碱性物质的搭配、缓冲体系的设计等。另外可以加入外源性的酸碱物质进行调控，如盐酸、氨水等。在流补体系中，往往通过葡萄糖和氨水的流加平衡PH，同时也兼具营养补充功能。

工业微生物大都为好氧微生物，工业发酵中，将无菌空气通入培养基，通过搅拌桨分散气体以实现有效利用，同时维持一定罐压以增大氧的溶解度。氧气的利用情况可通过溶氧电极、发酵尾气分析仪等控制及监测。

生长和产抗往往有不同的氧需求。通过调节通气量、搅拌速率、罐压可以有效控制和保证氧的供给。

发酵生产培养中，搅拌促进氧的分散利用，但桨叶尖端末速形成的剪切力也会损伤菌体，造成菌体断裂破碎，进而导致二次生长、粘度提高、菌种变异等情况，使发酵恶化。对剪切力控制可以通过筛选菌种，调节设备搅拌选型等加以控制。

除此之外，如：灭菌条件、发酵过程泡沫、种子质量、设备选型、人员操作、环境因素等都是影响发酵过程的重要因素，因此在工业发酵控制过程中，上述影响因素都必需纳入其控制系统及质量监管中。